Se analizaron las características morfológicas y productivas del Cacao Nacional Boliviano de 50 genotipos más sobresalientes ubicados en la parcela N° 25 de la Estación Experimental Sapecho, dependiente de la Facultad de Agronomía-UMSA, evaluándose las características productivas, morfológicas y su tolerancia a enfermedades. Se utilizó descriptores cuantitativos 32 y 19 cualitativos en variables de hoja, flor, fruto y semilla, se realizó el análisis conglomerado, análisis de componentes principales, análisis discriminante canónico y análisis de correlación a las variables cuantitativas/cualitativas. El análisis de conglomerado conformó tres grupos morfológicamente diferentes. Las características que más contribuyeron a explicar la variabilidad fueron: textura de hoja, distribución de lomos, color de fruto inmaduro, forma en sección transversal y color de cotiledón. El análisis de componentes principales demostró que 3 variables (peso promedió del fruto, número de granos por fruto y número de frutos saludables por árbol) explican el 43% variabilidad fenotípica. El análisis canónico nos explica el 63.8% de la variación entre los 3 grupos. 5 genotipos (CNB-12, CNB-7, CNB-45, CNB-32 y CNB-5) fueron los que presentan los mejores parámetros con un índice de semilla 1,0 a 1,1 gramos e índice de mazorca 24 a 34 frutos y demuestran tolerancia a escoba de bruja y monilla así como moderada tolerancia a mazorca negra.