En este Programa Operativo es un instrumento interno de la Dirección General, el cual permite una mayor precisión en cuanto a lo que el Instituto llevará a cabo en un período presupuestal; es decir, que a partir del Programa Presupuesto explicita las actividades que se realizarán en ese periodo presupuestal, precisando su fuente de financiamiento, monto por partida presupuestales y responsables de cada actividad. A través del Programa Operativo, no solamente se le da mayor precisión al Programa Presupuesto, sino que se actualiza en función de la evaluación de la situación de los países y del propio Instituto.