Alto Beni representa una de las zonas más potenciales en producción de papaya a nivel nacional, actualmente el área de producción de papaya en la región se ve afectada por diversas enfermedades causadas principalmente por hongos y bacterias. Una forma de obtener plantas libres de patógenos es a través del cultivo de tejidos in vitro. El presente trabajo se realizó con el objetivo de evaluar dos tipos de explantes (yemas apicales y embriones cigóticos) en la fase de establecimiento in vitro de dos variedades de papaya (Red Lady y Salvietty). Para el desarrollo del trabajo, se realizó la desinfección de los explantes en donde se utilizó tres métodos de desinfección, propuesto por diferentes autores en base a alcohol e hipoclorito de sodio. Para yemas apicales; método de desinfección; I (Posada, 2004), II; (Solis, 2012), III; (Gomes Carrera, 2018), para embriones cigóticos; método de desinfección I; (Rodríguez, 2008), II; (Valderrama Chamaya, 2013), III; (García Peña, 2013), así también, se evaluó el desarrollo de dichos explantes de acuerdo con las características de cada regeneración. Se aplicó tres diseños experimentales (DCA 3x2; DCA, DCA 2x2) en diferentes momentos de la investigación. De acuerdo con los resultados obtenidos, el método de desinfección propuesto por (Gomes Carrera, 2018) alcanzando el 82,1% de establecimiento de yemas apicales. No se observó diferencias estadísticas entre los métodos I, II y III opuestos para la desinfección de embriones cigóticos teniendo un establecimiento hasta del 65% en promedio. Los explantes establecidos fueron desarrollados mediante organogénesis (yemas apicales) y embriogénesis somática (embriones cigóticos). Para la regeneración por embriogénesis se observó que la variedad Red Lady obtuvo un mejor comportamiento, teniendo 6,20 embriones somáticos por embrión cigótico, y 43,7 embriones somáticos germinados, por otro lado, la variedad Salvietty alcanzó mejores resultados en el número de embriones cigóticos que formaron embriones somáticos (3,16). En cuanto al desarrollo de las vitroplantas obtenidas, se observó mejores resultados mediante yemas apicales, alcanzando una altura de 25,57 mm y 5,95 hojas por vitroplantas, por otro lado, se observó que el mayor diámetro de tallo (4,23 mm) se logró mediante embriones cigóticos. En conclusión: el explante que mejor se adaptó al establecimiento in vitro fue yemas apicales, y la variedad que mejor comportamiento tuvo fue la variedad Red Lady.