La actividad del IICA en Chile es regida por el Acuerdo Básico firmado con el Gobierno de Chile el 15 de abril de 1966 y modificado por decreto supremo Nº889 del Ministerio de Relaciones Exteriores del 3 de agosto de 1993, el que establece privilegios e inmunidades y reconoce su calidad de organismo internacional con un estatus similar al de los organismos de Naciones Unidas en virtud de ello, el IICA está autorizado para firmar acuerdos específicos con diversas entidades públicas y privadas para llevar a cabo sus tareas de cooperación técnica , científica y educativa . Durante el período 1999-2002, las acciones del IICA en Chile se centraron en las siguientes áreas estratégicas Política y Comercio, Innovación Tecnológica, Desarrollo Rural Sostenible, Educación y Capacitación e Información y Comunicaciones. El 22 de octubre de 2002, se autorizó la nueva Agenda de Cooperación Técnica, la cual es el resultado de un largo trabajo de investigación, diálogo y consenso con amplios sectores de la agricultura y el mundo rural chileno. El Acta se puso en marcha en un evento público, que congregó a autoridades públicas y privadas de la agricultura nacional.