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El nivel de ecosistemas es importante en la medición de biodiversidad y en la planificación tanto para la conservación, como para el manejo forestal. No obstante, estudios sistemáticos de la biodiversidad de ecosistemas en Centroamérica y su potencial para la planificación, raras veces avanzan más allá de las formaciones naturales determinadas por la variación macroclimática. Dichas formaciones pueden ser subdivididas a diferentes niveles jerárquicos, en relación a la distribución de impactos de huracanes, regímenes extremos de humedad del sustrato, y variaciones locales de las condiciones del mismo. Un análisis preliminar indica lagunas en la cobertura de la biodiversidad regional en las áreas protegidas. La diferenciación de tipos de bosque dentro de unidades de manejo forestal en la región puede ser marcada, siendo posiblemente más evidente en el sotobosque. Entre los métodos prácticos que pueden emplear los administradores de bosque para la identificación de tipos de bosque figura el análisis de datos de inventario en relación a tipos de suelo o unidades fisiográficas.